Pemahaman dinamika dalam ekosistem tambak mutlak diperlukan sebagai dasar pengelolaan kualitas air guna mendukung keberhasilan budidaya udang. Kualitas air di kolam, baik fisika, kimia maupun biologi saling berkaitan satu dengan yang lain. Sebagian besar variabel kualitas air berubah rubah setiap hari bahkan saling berkaitan satu sama lainnya.
Beberapa upaya pengelolaan perairan tambak udang dilakukan, antara lain teknik sedimentas dengan menggunakan kolam tandon air untuk menyimpan air sebelum air didistribusikan kedalam tambak. Pemakaian kincir air untuk meningkatkan konsentrasi oksigen terlarut (DO) dan penggunaan bahan kimia (antara lain saponin dan antibiotik) untuk mengantisipasi persebaran hama penyakit. Namun upaya tersebut belum memberikan hasil yang optimal dalam meningkatkan hasil produksi udang.
Salah satu upaya yang terus dikaji untuk dikembangkan ialah teknik bioremediasi. Bioremediasi merupakan pendekatan biologis dalam pengelolaan kualitas air tambak dengan memanfaatkan aktivitas bakteri dalam merombak bahan organik dalam sistem perairan buidaya. Bioremediasi dengan memanfaatkan mikroorganisme untuk ditumbuhkan pada polutan tertentu sebagai upaya menurunkan kadar polutan tersebut.
Beberapa kelompok bakteri mampu melakukan proses perombakan (dekomposisi) senyawa-senyawa polutan atau metabolit toksik, dan mampu dikembangkan sebagai bakteri agen bioremediasi yang berfungsi sebagai pengendalian kualitas air. Jenis atau kelompok bakteri antara lain bakteri nitrifikasi, bakteri sulfur (pereduksi ulfit) dan bakteri pengoksidasi amonia. Kelompok bakteri ini perlu dikondisikan agar lebih aktif membantu proses perombakan, sehingga dapat mengeliminasi senyawa toksik dari sistem perairan tambak.
Bakteri Bioremediasi
Bakteri bioremediasi telah banyak ditemukan oleh para peneliti, antara lain dilakukan oleh Mustafa (2001) dengan menggunakan bakteri Bacillus sp. dan Pseudomonas sp. yang dikomulasi secara bersamaan, sehingga mampu menurunkan kandungan bahan organik sedimen tambak udang sebesar 60% setelah inkubasi 56 hari.
Selanjutnya, bakteri Nitrosomonas yang tak kalah populer sebagau bakteri bioremediasi, berperan dalam oksidasi amonia menjadi nitrit, setelah itu nitrit dioksidasi menjadi nitrat dengan bantuan bakteri Nitrobacter. Kedua jenis bakteri tersebut merupakan bakteri kemotrofik, yaitu bakteri yang mendapatkan energi dari proses kimiawi. Nitrat yang dihasilkan tidak bersifat toksik bagi organism akuatik.
Desipond
Proses bioremediasi dapat dibantu dengan dekomposer yang berisi campuran bakteri dan khamir (Trichoderma viride, saccharomyces cerevisiae, lactobacillus plantarum, nitrosomonas yang mampu mengurai limbah tambak dan membantu siphonisasi dengan mengimplementasikan desipond. Cara Penggunaan dengan pemberian sebanyak 1-3 ppm dengan interal 3 hari.